自2009年學(xué)術(shù)不端檢測系統(tǒng)得以運用以來，各大高校開啟學(xué)術(shù)論文查重工作取得了突破性的進(jìn)展，學(xué)術(shù)論文抄襲與剽竊現(xiàn)象明顯減少，有學(xué)者調(diào)查得出，2011年至2014年復(fù)制比在0～10%區(qū)間的論文數(shù)量從2011-2012年度的73%上升到2013-2014年度的84%。然而，不可否認(rèn)的是，高校運用學(xué)術(shù)不端檢測系統(tǒng)進(jìn)行論文“查重”工作，出現(xiàn)很多亟待解決的問題。 
　　1、學(xué)術(shù)不端行為檢測的時間問題： 
　　對于檢測的時間問題，主要是指高校對學(xué)術(shù)論文“查重”的時間安排是否合理的問題。有學(xué)者指出，67%的高校只檢測一次，在盲審前或者答辯前進(jìn)行，而30%的高校則在盲審和授予學(xué)位前各檢測一次。[4]從樣本數(shù)據(jù)中可以看出，大部分高校對學(xué)位論文的檢測僅僅在盲審前或者答辯前進(jìn)行一次。但是在盲審到授予學(xué)位這段時間段內(nèi)，文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫以及學(xué)位論文的內(nèi)容會發(fā)生一定的變化。這段期間內(nèi)，數(shù)據(jù)庫內(nèi)論文文獻(xiàn)的增加和更新可能在一定程度上影響檢測結(jié)果，此外學(xué)生在答辯前或者盲審前檢測結(jié)束后，答辯過程中，學(xué)生可能還會發(fā)現(xiàn)文章中的很多問題，對文章的修改變動性很大，這在一定程度上也影響檢測的效果。 
　　2、學(xué)術(shù)不端行為檢測結(jié)果的判定問題： 
　　首先，各大高校對學(xué)術(shù)論文判定的標(biāo)準(zhǔn)存在很大的差異，部分高校將相似比結(jié)果定位在30%，而另一些高校將其定位在10%或5%，標(biāo)準(zhǔn)不一，缺乏一個科學(xué)的判定標(biāo)準(zhǔn)。此外很多高校對碩士生和博士生的論文判定采用統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)，碩士生論文一般要求3-5萬字，而博士生論文則要求8-10萬字，以同樣的比例進(jìn)行檢測，其重復(fù)的字符可能相差1萬字之多。[5]因此如何對相似比檢測經(jīng)過進(jìn)行科學(xué)定位，這是一個值得深究的問題。 
　　其次，人文社科類論文和科技論文在寫作方法和文獻(xiàn)的使用過程中存在很大差別，但卻采用相同的判定標(biāo)準(zhǔn)，這種現(xiàn)象存在不合理之處。有學(xué)者指出，科學(xué)研究是建立在大量查閱資料的基礎(chǔ)之上進(jìn)行的，尤其在人文社科類研究中體現(xiàn)地尤為明顯。[6]科技論文在寫作過程中大量使用一手文獻(xiàn)，多是通過實驗研究及相關(guān)理論成果結(jié)合而形成的。但人文社科類論文對資料的調(diào)查和文獻(xiàn)的運用具有很高的要求，尤其是理論性較強的綜述性論文，需要大量二手文獻(xiàn)作支撐的，只有大量引用他人的論點，才能夠支撐其論文的科學(xué)性與邏輯性。然而如果采取與科技論文相同的檢測和判定標(biāo)準(zhǔn)，那么綜述性論文在論文查重過程中就會面臨很大的風(fēng)險。很多畢業(yè)生為了通過檢測而不加引用任何文獻(xiàn)，或者有學(xué)生為了降低重復(fù)率，對文章進(jìn)行大肆修改刪減，失去其理論依托性。這就脫離了文獻(xiàn)研究，在一定程度上會導(dǎo)致所寫作的論文缺乏理論依據(jù)，是不符合論文的寫作要求的。 
　　3、檢測的效果問題： 
　　TMLC2文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫雖然囊括了學(xué)術(shù)期刊、博學(xué)位論文等多個數(shù)據(jù)系統(tǒng)，但是文獻(xiàn)數(shù)據(jù)仍然是有限的，沒有容納所有的數(shù)據(jù)庫。這就在一定程度上為畢業(yè)生在寫作論文時提供空隙，避開TMLC2的數(shù)據(jù)庫，在其他數(shù)據(jù)庫中尋找參考文獻(xiàn)，以降低論文的重復(fù)率。文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫的不同，導(dǎo)致檢測結(jié)果也存在很大的差別。例如，存在一些學(xué)位論文，在TMLC2系統(tǒng)上總相似比低于30%，但是在其他系統(tǒng)例如萬方論文相似性檢測系統(tǒng)中卻超過40%的現(xiàn)象。因此僅僅依靠TMLC2系統(tǒng)的檢測結(jié)果來評判學(xué)生的學(xué)位論文，存在一定的片面性，并且大大降低了其檢測的效果。